Maydonoz Döner'e yönelik 21 Şubat 2025 tarihinde FETÖ soruşturması kapsamında operasyon düzenlenmiş ve şirkete kayyum atanmıştır. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamede, 46'sı tutuklu 70 kişi hakkında "silahlı terör örgütüne üye olma" ve "Terörizmin Finansmanının Önlenmesi Hakkında Kanun'a muhalefet" suçlamalarıyla 14 yıl 2 aydan 28 yıl 4 aya kadar hapis cezası talep edilmiştir. Soruşturma kapsamında, Maydonoz Döner'in franchise (isim hakkı) sistemiyle faaliyet gösterdiği ve örgüte gayri resmi ortaklıklar sağlandığı tespit edilmiştir. TMSF'nin açıklamasına göre, ticari faaliyetlerin aksamaması ve üçüncü şahısların haklarının korunması için şirketlerin yönetimi oluşturulmuş ve çalışmalar devam etmektedir.