En iyi jalapeno çeşidi, kişisel tercihlere göre değişebilir, ancak bazı popüler ve beğenilen jalapeno türleri şunlardır: 1. Jalaro Jalapeño: Renkli ve lezzetli, sarı ve turuncu çeşitleri bulunur, olgunduğunda kırmızı olur. 2. Chilipeño Hybrid: Büyük ve mild (hafif) bir çeşittir, yeşilden mora dönüp kırmızıya ulaşır. 3. Firenza: Orta-yüksek ısıda, 3000-8000 Scoville ısı birimi (SHU) arasında değişir. 4. Mitla Hybrid: Ticari yetiştiriciler arasında popüler, 4000-6000 SHU orta düzeyde acı. 5. Biker Billy: Olgunlaştıkça ısısı artan, 30.000 SHU'ya kadar çıkabilen, çok acı bir çeşittir. Ayrıca, Chipotle ve Conchos gibi diğer jalapeno türleri de lezzet ve kullanım açısından tercih edilebilir.