Connectome haritalama, beynin nöronlar arasındaki bağlantılarını mapping etmek için çeşitli teknikler kullanılarak yapılır: 1. Diffusion Tensor Imaging (DTI): Su moleküllerinin sinir lifleri boyunca hareketini izleyerek beyin bölgelerini birbirine bağlayan yolları belirler. 2. Fonksiyonel MRI (fMRI): Beyin aktivitesini ölçerek, farklı beyin bölgelerinin işlevsel olarak nasıl bağlantılı olduğunu ortaya çıkarır. 3. Elektron Mikroskobu: Bireysel sinaptik bağlantıları detaylandırarak, nöronların mikroskobik düzeyde nasıl bağlandığını gösterir. Ayrıca, genetik mühendislik ve fiber optik gibi ileri teknolojiler de kullanılarak komşu nöronların renkleri farklı şekilde floresan hale getirilmesi gibi yöntemler de uygulanır. Bu teknikler, hem hayvanlar üzerinde yapılan deneysel araştırmalar hem de insan beyni üzerinde yapılan non-invaziv görüntüleme çalışmaları ile birleştirilerek kullanılır.