NCTS Faz 4 ve Faz 5 arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Uyumluluk: Faz 5, Avrupa Birliği Gümrük Kanunu (UCC) ile tam uyumludur, Faz 4 ise bu uyumdan yoksundur. 2. Yeni Özellikler: Faz 5, transit beyannamesinin önceden sunulabilmesi, olay kayıt süreçlerindeki değişiklikler ve kapsamlı teminatların izlenmesi gibi yeni özellikler sunar. 3. Mesaj Formatları: Faz 5'te kullanılan mesaj formatları ve veri yapıları, UCC'ye uygun olarak güncellenmiştir. 4. Çıkış Ofisi Kavramı: Faz 5 ile AB dışına yapılan transitlerde "Çıkış Ofisi" kavramı tanıtılmıştır, Faz 4'te bu kavram yoktu. 5. Geçiş Süreci: Faz 5'e geçiş, iş sürekliliğini sağlamak amacıyla aşamalı olarak uygulanmaktadır.