Biyogaz tesislerinde organik atıklar kullanılır. Bu atıklar şunlardır: Hayvan gübreleri: Sığır, at, koyun, tavuk gibi hayvanların dışkıları ve mezbahane atıkları. Bitkisel artıklar: İnce kıyılmış sap, saman, anız, mısır artıkları, şeker pancarı yaprakları ve çimen artıkları. Şehir ve endüstriyel atıklar: Kanalizasyon ve dip çamurları, kağıt, sanayi ve gıda sanayi atıkları, çözünmüş organik madde derişimi yüksek endüstriyel ve evsel atık sular. Ayrıca, çeşitli organik içerikli atıklar da biyogaz üretiminde kullanılabilir.