Beyin ameliyatları, genel olarak riskli kabul edilen cerrahi işlemler arasındadır. Beyin ameliyatlarının riskleri, hastanın yaşına, genel sağlık durumuna ve yapılan cerrahi türüne bağlı olarak değişir. Beyin ameliyatlarının bazı riskleri şunlardır: enfeksiyon; kanama; nörolojik hasar; hafıza kaybı; felç; konuşma bozukluğu; uzun iyileşme süreci. Risk oranı, ameliyatın türüne, tümörün veya lezyonun bulunduğu bölgeye ve kullanılan cerrahi tekniklere göre değişiklik gösterebilir. Beyin ameliyatı olmayı gerektiren bir durum söz konusuysa, risk değerlendirmesi ve uygun tedavi için bir beyin cerrahına başvurulması önerilir.