Morfolojisi bozuk sperm, sperm hücresinin baş, boyun veya kuyruk kısımlarında yapısal bozukluklar bulunması durumudur. Sperm morfoloji bozukluklarına örnek olarak şunlar verilebilir: Baş bölgesindeki bozukluklar: İri baş, küçük baş, çift baş, yuvarlak baş, sivri uçlu baş. Boyun bozuklukları: Kısa boyun, uzun boyun, kalın boyun, ince boyun. Kuyruk bozuklukları: Kısa kuyruk, uzun kuyruk, çift kuyruk. Morfoloji bozukluğu, doğal yolla gebelik şansını azaltabilir. Sperm morfolojisi bozukluğu şüphesi durumunda, bir üroloji veya androloji uzmanına danışılması önerilir.