Kalp zarı ameliyatı, diğer tüm cerrahi işlemlerde olduğu gibi belirli riskler taşır. Bu riskler arasında: anesteziye bağlı reaksiyonlar; solunum problemleri; inme; kan pıhtısı oluşumu; enfeksiyon; kalp krizi ve hatta ölüm. Risk oranı, hastanın yaşı, cinsiyeti, genel sağlık durumu ve tıbbi geçmişi gibi faktörlere bağlı olarak değişir. Ameliyat öncesi ve sonrası dönemde doktor tavsiyelerine uymak, riskleri minimize etmek için önemlidir.