Subkütan ve intramüsküler B12 arasındaki temel fark, uygulama yöntemleridir: Subkütan uygulama, B12 vitamin iğnesinin cilt altına, genellikle karın veya üst kol bölgesinde yapılmasını içerir. İntramüsküler uygulama ise iğnenin, hastaların genellikle kalça veya üst kol bölgesindeki kaslara, yani kasa yapılmasını ifade eder. İntramüsküler uygulama, B12 vitamini seviyelerinin daha hızlı yükseltilmesi gerektiğinde tercih edilir ve genellikle başlangıçta sık aralıklarla, sonra daha seyrek idame dozları şeklinde yapılır. Uygulama yöntemi, hastanın durumuna ve doktorun önerisine göre değişiklik gösterebilir.