Bakteriler, çeşitli şekillerde sınıflandırılabilir: Morfolojik olarak: Küresel (kokus). Çubuksu (basil). Spiral şekilli. Metabolik özelliklerine göre: Fototroflar. Litotroflar. Organotroflar. Gram boyama yöntemine göre: Gram-pozitif bakteriler. Gram-negatif bakteriler. Fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre: Zorunlu aeroblar. Fakültatif anaeroblar. Zorunlu anaeroblar. Bu sınıflandırmalar, bakterilerin çeşitli özelliklerini ve yaşam koşullarını dikkate alarak farklı gruplar oluşturur.