Fetal DNA testinde yanlış pozitiflik oranı genellikle %1'den daha az olarak belirtilmektedir. Ancak, bazı durumlarda bu oran değişebilir: Cinsiyet kromozomu anöploidileri için yanlış pozitiflik oranı, örneğin Turner sendromu için %0,23'e kadar çıkabilir. Düşük moleküler ağırlıklı heparin kullanımı, aşırı kilo gibi faktörler yanlış pozitif sonuçlara yol açabilir. Fetal DNA testi, tarama testi niteliğinde olup, kesin tanı için amniyosentez gibi tanısal testlerin yapılması önerilir.