Endoskopi işlemi bazı riskler taşır, bunlar arasında: 1. Organ delinmesi (perforasyon): Nadiren de olsa mide veya bağırsak duvarında yırtık oluşabilir. 2. Anestezi ve sedasyon reaksiyonları: Hastaya verilen ilaçlara karşı alerjik reaksiyonlar, solunum depresyonu, kalp ritmi bozukluğu gibi istenmeyen etkiler gelişebilir. 3. Enfeksiyon: Endoskopi aletleri her hasta öncesi yüksek düzeyde sterilizasyondan geçirilir, ancak ek işlemler yapıldığında enfeksiyon riski az da olsa artar. 4. Kanama: Biyopsi alınması veya polip çıkarılması gibi müdahaleler yapıldığında küçük kanamalar olabilir, çoğu durumda bu kanama kendiliğinden durur. 5. Yutkunma zorluğu ve karın şişkinliği: Özellikle kolonoskopi sonrası görülebilecek yan etkilerdir. Risklerin en aza indirilmesi için işlemin deneyimli gastroenterologlar tarafından, tam teşekküllü merkezlerde yapılması önerilir.