Endoskopi sırasında oluşabilecek bazı riskler: Şiddetli mide yanması, karın ağrısı, kan gelmesi, kusma, nefes zorluğu gibi durumlar. Kanama, özellikle biyopsi veya polip çıkarma gibi işlemler yapıldığında. Enfeksiyon, ateş, ağrı, şişlik veya kızarıklık şeklinde belirti verebilir. Delik (perforasyon) oluşması, cerrahi müdahale gerektirebilir. Alerjik reaksiyonlar, solunum zorlukları veya şişlik gibi belirtilerle kendini gösterebilir. Kalp problemleri. Bağırsak veya mide duvarında gaz birikimi (kolonoskopi sonrası). Bu riskler düşük ihtimallidir ve genellikle deneyimli uzmanlar tarafından yapılan işlemlerde komplikasyon riski minimum seviyededir. Endoskopi sonrası herhangi bir olumsuz durumda bir hekime danışılması önerilir.