Domuz Gribi aşısının yan etkileri genellikle geçici olup, kalıcı hasar bırakmaz. Aşının yaygın yan etkileri arasında aşı yapılan yerde kızarıklık, hassasiyet veya şişlik, baş ağrısı, kas ve eklem ağrısı, ateş, mide bulantısı, terleme, üşüme ve titreme ile lenf bezlerinde şişlik yer alır. Çok nadiren görülebilecek korkutucu yan etkiler arasında ise ciddi alerjik reaksiyonlar, beyin dokusu, sinir, böbrek ve damar iltihabı, bilinç kaybı ve istemli kaslarda şiddetli kasılmalar, yüz felci ve solunum sistemi rahatsızlıkları bulunur. Aşının yan etkileri hakkında kesin bilgi almak için bir sağlık uzmanına danışılması önerilir.