Çenede kist, tedavi edilmediğinde tehlikeli olabilir. Çene kistleri genellikle iyi huylu olsa da, zamanla büyüyerek çene kemiğine zarar verebilir ve çeşitli komplikasyonlara yol açabilir. Bu komplikasyonlar arasında: Diş kaybı: Kistler, komşu dişleri de etkileyerek diş kaybına neden olabilir. Çene kemiğinin kırılması: Kistin baskısı altında kalan çene kemiği, en ufak bir travmada bile kırılabilir hale gelebilir. Sinir sıkışması: Kistin sinire baskı yapması, bölgede hissizlik veya yanma hissine yol açabilir. Kanser riski: Nadir durumlarda kistler kanserli hale gelebilir. Bu nedenle, çene kistlerinin teşhis edilir edilmez tedavi edilmesi önemlidir.