Behçet sendromu birçok organı etkileyebilir, bunlar arasında: Ağız ve genital organlar: Tekrarlayan ülser şeklinde yaralar oluşur. Deri: Ağrılı, kızarık ve kabarık lezyonlar, akne benzeri döküntüler görülür. Eklemler: Özellikle diz, ayak bileği ve el bileği gibi eklemlerde ağrı ve şişlik olur. Gözler: Üveit adı verilen iltihaplanma sonucu gözde ağrı, kızarıklık ve bulanık görme meydana gelebilir. Kan damarları: Büyük ve küçük kan damarlarında iltihaplanma, pıhtı oluşumu ve buna bağlı olarak bacaklarda şişlik ve ağrı oluşabilir. Merkezi sinir sistemi: Omurilik, beyin sapı ve beyin loblarının tutulumuna bağlı olarak uyuşma, kuvvetsizlik ve baş ağrısı gibi belirtiler ortaya çıkabilir. Sindirim sistemi: Sindirim sisteminde ülserler gelişebilir, karın ağrısı, bulantı ve ishal gibi belirtiler görülebilir.