Atom kekin sağlıklı olup olmadığına dair kesin bir bilgi bulunmamaktadır. Ancak, atom kek tariflerinde genellikle yoğun çikolata, süt, un ve şeker gibi malzemeler kullanılır. Bu nedenle, yüksek kalori ve şeker içeriği nedeniyle dengeli bir diyetin parçası olarak tüketilmesi önerilebilir. Sağlıklı bir alternatif için, glutensiz atom kek tarifi gibi seçenekler de mevcuttur. En doğru bilgi için, kullanılan malzemelerin ve pişirme yöntemlerinin bireysel sağlık ihtiyaçlarına uygun olup olmadığını değerlendirmek amacıyla bir beslenme uzmanına danışılması önerilir.