Profilaktik antibiyotik kullanımı, enfeksiyon gelişme riskinin yüksek olduğu durumlarda uygulanır. İki ana durumda söz konusudur: 1. Cerrahi profilaksi: Bazı cerrahi operasyonlardan önce, enfeksiyonun önlenmesi amacıyla kullanılır. 2. Diğer durumlar: Enfektif endokardit, akut romatizmal ateş, malarya, bakteriyel menenjit, turist ishali, tüberküloz ve Pneumocystis carinii enfeksiyonu gibi durumlarda da profilaktik antibiyotik kullanımı endikedir. Profilaktik antibiyotik kullanımı, antibiyotik direncinin artmasını önlemek için kısa süreli ve dikkatli bir şekilde yapılmalıdır.