Anastomoza bağlı komplikasyonlar arasında en yaygın olanlar anastomoz kaçakları ve anastomoz darlıklarıdır. Anastomoz kaçakları, cerrahi müdahale sonrası birleştirilen bölgelerde tam iyileşme gerçekleşmediğinde, bağlantı yerlerinden sızıntı olmasıdır. Anastomoz darlıkları, cerrahi olarak sindirim sistemi organlarının birleştirildiği bölgelerde zamanla daralma meydana gelmesidir. Diğer komplikasyonlar arasında tekrar ameliyat, stoma sorunları, hastanede daha uzun süre kalma, lokal nükslerin oluşması, beş yıllık sağkalımın azalması ve artan maliyetler sayılabilir. Anastomoza bağlı komplikasyonların belirtileri arasında karın ağrısı, yüksek ateş, karnın şişmesi, kalıcı paralitik ileus, hızlı kalp atışı, deliryum, sepsis ve şok gibi belirtiler bulunur. Anastomoza bağlı komplikasyonlar ciddi sağlık sorunlarına yol açabileceğinden, belirtiler fark edildiğinde derhal bir sağlık uzmanına başvurulmalıdır.