Sefalosporinlerin farmakokinetiği şu şekilde özetlenebilir: Birinci kuşak sefalosporinler aside karşı dayanıksızdır ve absorpsiyonları yeterli değildir, bu yüzden genellikle oral yoldan alınamazlar. İkinci, üçüncü ve dördüncü kuşak sefalosporinler oral yoldan kullanılabilir. Sefalosporinler, penisilinlere oranla dokuların çoğuna daha iyi nüfuz ederler. Üçüncü ve dördüncü kuşak sefalosporinler, iltihabi durumlarda beyin omurilik sıvısına (BOS) terapötik konsantrasyon oluşturacak derecede girer ve menenjit tedavisinde kullanılabilirler. Çoğu sefalosporin, metabolize edilmeden böbreklerden glomerüler filtrasyon veya tübüler salgılama ile atılır. Sefalosporinler, plazma proteinlerine değişik oranlarda bağlanır.