Toxins konusu, mikroorganizmalar tarafından üretilen zehirli maddelerin (toksinlerin) neden olduğu hastalık ve etkileri üzerine odaklanır. Toksinler, iki ana kategoriye ayrılır: 1. Endotoksinler: Gram-negatif bakterilerin hücre duvarında bulunan ve bakteri parçalandığında serbest kalan lipopolisakkaritlerdir. 2. Ekzotoksinler: Gram-pozitif ve Gram-negatif bakteriler tarafından büyüme sırasında salgılanan, protein yapılı ve genellikle enzimler olan toksinlerdir. Toksinler, vücudun hücrelerine, dokularına ve organlarına zarar vererek normal vücut fonksiyonlarını bozar.