Rurouni Kenshin'in ilk bölümü, Kamiya Kaoru'nun Tokyo'da yaşayan bir kendo eğitmeni olarak, sokaklarda insanları öldüren ve kendini Hitokiri Battōsai olarak tanıtan bir adamın peşine düşmesiyle başlar. Kaoru, yanlışlıkla Battōsai'yi arayan bir gezgin olan Himura Kenshin ile karşılaşır. Daha sonra, Kaoru'nun dojosunda bir öğrenci olan Hiruma Gohei'nin, babasının Kamiya Kasshin-ryū stilini kullanarak cinayetler işlediği ortaya çıkar. Sonunda, Kaoru, Kenshin'den dojoyu yeniden inşa etmesine ve daha fazla öğrenci çekmesine yardım etmesini ister.