Rurouni Kenshin'in ilk bölümü, Kamiya Kaoru'nun Tokyo'da yaşayan bir kendo eğitmeni olarak, sokaklarda insanları öldüren ve kendini Hitokiri Battōsai olarak tanıtan bir adamın peşine düşmesiyle başlar 13.

Kaoru, yanlışlıkla Battōsai'yi arayan bir gezgin olan Himura Kenshin ile karşılaşır 13. Kenshin'in sakarlıklarını ve sakabatō (ters bıçaklı kılıç) kullandığını görünce, onun gerçekten katil olmadığına ikna olur 4.

Daha sonra, Kaoru'nun dojosunda bir öğrenci olan Hiruma Gohei'nin, babasının Kamiya Kasshin-ryū stilini kullanarak cinayetler işlediği ortaya çıkar 1. Kenshin, Gohei'yi yener ve onun sağ ellerini sakatlayarak kılıç kullanma yeteneğini yok eder 1.

Sonunda, Kaoru, Kenshin'den dojoyu yeniden inşa etmesine ve daha fazla öğrenci çekmesine yardım etmesini ister 13.