Rurouni Kenshin: The Final filmi, manga serisinin son arcs'ını uyarlamaktadır. Filmin konusu özetle şu şekildedir: Yukishiro Enishi, kız kardeşi Tomoe'nun katili Himura Kenshin'den intikam almak için Tokyo'ya gelir. Kenshin, geçmişiyle yüzleşir ve Tomoe'nun aslında kendisine aşık olduğunu ve onun uğruna hayatını feda ettiğini öğrenir. Filmin sonunda, Kenshin ve Kaoru birlikte yeni bir hayata başlarlar.