Kaptan-ı Derya'nın yetkileri şunlardır: 1. Donanma Komutanlığı: Donanma-yı Hümayun'un ve Tersane-i Amire'nin en büyük amiridir. 2. Denizcilikle İlgili Atamalar: Denizcilikle ilgili tüm atamaları yapma yetkisine sahiptir. 3. Hüküm Yazma ve Tuğra Çekme: Pâdişâh adına ferman yazar ve tuğra çeker. 4. Zeamet ve Tımar Dağıtımı: Derya Kalemi'ne bağlı zeamet ve tımarların dağıtımını yapar. 5. Davaları Dinleme: Tersane-i Amire alanlarındaki davalara doğrudan bakar, idam cezası verebilir ve bazı davaları kadıya havale eder. 6. Sadrazama Rapor Verme: Bâzı mühim işleri sadrâzama arz eder. 7. Saray Önünde Tören: Donanmayla denize açılmadan önce sadrazama teftiş verir, ardından Topkapı Sarayı'na giderek padişahın katına çıkar.