II. Bayezid'in en büyük sorunu, kardeşi Cem Sultan ile olan taht mücadelesidir. Fatih Sultan Mehmet'in vefatından sonra II. Bayezid tahta çıkmış, ancak kardeşi Cem Sultan bu durumu kabul etmeyerek Anadolu'da kendi padişahlığını ilan etmiştir. Cem Sultan, yenilgiden sonra önce Memlük Devleti'ne, ardından Rodos, Fransa ve Roma'ya sığınmış, bu da II. Bayezid'in Avrupa devletleriyle olan ilişkilerini zorlaştırmıştır. Bu taht mücadelesi, fetihlerin yavaşlamasına ve II. Bayezid döneminin "yükselme içindeki duraklama dönemi" olarak anılmasına neden olmuştur.