Fatih Dönemi ile 2. Bayezid Dönemi arasındaki bazı temel farklar şunlardır: 1. Askeri Fetihler: Fatih Dönemi'nde büyük askeri fetihler gerçekleştirilmiş, İstanbul'un fethi ile Ortaçağ kapanmış ve Yeniçağ başlamıştır. 2. Dış Politika: Fatih Dönemi'nde batı politikası aktif ve saldırgan bir nitelik taşırken, 2. Bayezid Dönemi'nde daha temkinli ve dengeli bir dış politika izlenmiştir. 3. Memluk İlişkileri: Fatih Dönemi'nde Memluklarla ilişkiler genellikle dostane olmuşken, 2. Bayezid Dönemi'nde bu ilişkiler bozulmuş ve iki devlet arasında savaşlar yaşanmıştır. 4. Kültürel ve İdari Gelişmeler: Fatih Dönemi, devlet sisteminde büyük bir dönüşüm ve merkezileşme süreci yaşamış, 2. Bayezid Dönemi'nde ise bu sürecin devamı ve bazı uygulamaların yumuşatılması söz konusu olmuştur.