Code: Breaker animesi, derslerinde başarılı, Aikido yapan ve güzel bir kız olan lise öğrencisi Sakura Sakurakoji'nin hikayesini anlatır 14.

Bir gün otobüsle eve dönerken pencereden birinin insanları mavi bir ateşle yaktığını görür 14. Telaşla olay yerine gittiğinde çevrede bu olayla ilgili hiçbir ize rastlayamaz 4. Ertesi gün okula gittiğinde, sınıflarına yeni gelen transfer öğrenci Rei Ogami'nin, bir gün önce insanları yakan kişi olduğunu fark eder 14.

Başlangıçta bu olaylarla ilgisi olmayan, son derece masum biri gibi gözüken Rei'nin, devlet için çalışan, özel güçlere sahip bir suikastçı olduğu ortaya çıkar 14.