Code: Breaker, dövüş sanatlarında eğitim almış lise öğrencisi Sakura Sakurakōji'nin, bir gün otobüsle eve dönerken pencereden insanların mavi bir ateşle yakıldığını görmesiyle başlar 12. Ertesi gün okula gittiğinde, sınıfına yeni gelen transfer öğrenci Rei Ogami'nin, bir gün önce insanları yakan kişi olduğunu fark eder 12.

Başlangıçta masum biri gibi görünen Rei, devlet için çalışan, özel güçlere sahip bir suikastçı ve "Code: Breaker" olarak bilinen bir organizasyon üyesidir 12. Anime, bu iki karakterin hikayesini anlatır 2.

Konu olarak, özel yeteneklere sahip gizli suikastçıların varlığı ve adalet teması işlenir 5. Ancak, bazı izleyiciler animenin işlenişinin beklentileri karşılamadığını düşünmüştür 5.