"Code:Breaker" anime serisi, derslerinde başarılı, aikido yapan ve güzel bir kız olan lise öğrencisi Sakura Sakurakoji'nin hikayesini anlatır. Bir gün otobüsle eve giderken, Sakura pencereden insanları mavi bir ateşle diri diri yakan birini görür. Başlangıçta bu olaylarla ilgisi olmayan, son derece masum biri gibi gözüken Rei'nin, devlet için çalışan, özel güçlere sahip bir suikastçı olduğu ortaya çıkar.