"Code:Breaker" animesi, özel güçlere sahip suikastçılar olan "Code:Breaker"ların hikayesini anlatır. Konu özeti: Sakura Sakurakōji, bir gün otobüsle eve giderken birinin insanları mavi bir ateşle yaktığını görür. Ertesi gün, sınıfına yeni gelen Rei Ōgami'nin bir gün önce insanları yakan kişi olduğunu fark eder. Rei Ōgami'nin aslında devlet için çalışan ve "Code:Breaker" adıyla bilinen bir suikastçı olduğunu öğrenir. Sakura, Rei'yi doğru yola çekmeye çalışırken, "Code:Breaker" sisteminin içindeki diğer rakipler ve arkadaşlarla tanışır. Hükümet içindeki karanlık güçler, "Code:Breaker"ların güçleri üzerinde kendi planlarını yapmaktadır. Temalar: Aksiyon; Doğaüstü güçler; Dram; Okul.