Balıkesir'in en eski isimlerinden biri Agiros (Achiraus)'dur. Balıkesir, tarih boyunca ayrıca Misya, Hadrianotherae ve Karesi gibi isimlerle de anılmıştır. Şehrin günümüzdeki adı olan "Balıkesir" ise 24 Ekim 1926 tarih ve 4248 sayılı Kararname ile kabul edilmiştir.