Ahıska Türklerinin kökeni, Kıpçaklar, Oğuzlar, Kürtler ve az sayıda Müslümanlaşmış Gürcüler gibi çeşitli toplulukların karışımına dayanmaktadır. Diğer köken teorileri ise şu şekildedir: - Gürcü teorisi: Ahıska Türklerinin, Müslümanlaştırılmış ve Türkleştirilmiş Gürcüler olduğunu öne sürer. - Rus teorisi: Kökenini, MÖ 2. yüzyılda Kafkasya'daki Bulgarlarla ve diğer "Türki" kabilelerin karışımına dayandırır. Ahıska Türkleri, 1944 yılındaki sürgünden önce kendilerini "Kafkas Türkleri" olarak adlandırmaktaydılar.