Üniversite hastanelerinde başmüdür, idari, mali ve teknik hizmetlerin, hastanenin amaçları doğrultusunda, mevzuata uygun olarak yürütülmesinden sorumludur. Başmüdürün bazı görevleri şunlardır: Planlama ve organizasyon: Hastanenin ihtiyaçlarının tespiti, temini, depolanması ve birimlere dağıtılmasını sağlar. Koordinasyon ve denetim: İdari ve teknik hizmetlerin planlama, örgütleme, yürütme, koordinasyon ve denetimini yapar. Personel yönetimi: Bağlı müdürlüklerin ve personelin sicil işlemlerini yürütür, personel aktarımları ve görev yeri değişikliklerini yapar. Bütçe ve mali işlemler: Bütçe hazırlıklarını yapar, mali işlemlerin usulüne uygun şekilde yürütülmesini sağlar. Diğer görevler: Hastane kurullarının raportörlüğünü yapar, emniyet tedbirlerinin alınmasını sağlar, halkla ilişkiler faaliyetlerini yürütür. Başmüdür, hastane başhekimine ve genel sekretere karşı sorumludur.