Sayıştay atamalarının zor olmasının birkaç nedeni vardır: 1. Eşitlik ve liyakat ilkelerinin ihlali: Mevzuata göre atamalar, eşitlik ve liyakat esasları doğrultusunda objektif kriterler dahilinde yapılmalıdır. 2. İstisnai kadrolara yapılan atamalar: Görevde yükselme yönetmeliklerindeki istisnaların kötüye kullanılması, sınavla yükselmesi gereken kadrolara sınavsız atamaları mümkün kılmaktadır. 3. Kişiye özel ilanlar: Akademik rekabeti engelleyecek şekilde kişiye özel ilanların yapılması, atamaların şeffaflığını azaltmaktadır. 4. Usulsüz atamalar: Bazı atamalarda asaleten yapılması gereken görevlendirmelerin vekaleten yapılması gibi usulsüz işlemler gerçekleştirilmektedir. Bu tür olumsuzlukların önüne geçmek için Sayıştay, mevzuat boşluklarını doldurmayı ve şeffaf uygulamaları artırmayı önermektedir.