663 sayılı KHK'ya göre Sağlık Bakanlığı teşkilatı şu şekilde yapılandırılmıştır: 1. Merkez Teşkilatı: Bakan, Müsteşar, 5 Müsteşar Yardımcısı, Sağlık Politikaları Kurulu, 12 adet Genel Müdürlük, Yüksek Sağlık Şurası, Tıpta Uzmanlık Kurulu ve Sağlık Meslekleri Kurulu'ndan oluşur. 2. Taşra Teşkilatı: İl ve ilçe sağlık müdürlükleri ile sağlık grup başkanlıkları Bakanlığın taşra yönetim teşkilatı olarak belirlenmiştir. 3. Bağlı Kuruluşlar: Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Türkiye Kamu Hastaneleri Kurumu, Türkiye İlaç ve Tıbbî Cihaz Kurumu ve Türkiye Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü'dür.