Kanal İstanbul projesinin iptal edilmesinin başlıca nedenleri, İstanbul 11. İdare Mahkemesi ve İstanbul 5. İdare Mahkemesi'nin verdiği iptal kararlarıdır. İstanbul 11. İdare Mahkemesi, Yenişehir Rezerv Yapı Alanı imar planını, şehircilik ilke ve esaslarına, planlama tekniklerine ve hukuka aykırı olduğu gerekçesiyle iptal etmiştir. İstanbul 5. İdare Mahkemesi ise rezerv alan ilanı ve 1/100.000 ölçekli çevre düzeni planı değişikliği kararlarını, bilimsel ve teknik dayanaklardan yoksun olmaları ve kentsel dönüşüm amacının dışında yeni yerleşim projelerine dayanak oluşturmaları nedeniyle iptal etmiştir. Projenin geleceği, açılan diğer davaların sonuçlarına bağlı olarak şekillenecektir.