Hıyanet-i Vataniye Kanunu'nun 4. ve 5. maddeleri, kanunun uygulanmasını ve adalet sürecini düzenleyerek, otoritenin sağlanması ve birliğin kurulması açısından önemlidir. 4. madde, vatana ihanet zanlılarının yetkili mahkemesini suçun işlendiği yerdeki ceza mahkemesi olarak belirler. 5. madde, vatana ihanet zanlılarının muhakemesinin, ceza mahkemelerinden verilecek kesin tutuklama belgesi üzerine her yerde tutuklu olarak yapılmasını öngörür. Bu düzenlemeler, hızlı ve etkili bir adalet süreci sağlayarak, iç ayaklanmaların ve isyanların önüne geçmeyi ve düzenli orduyu kurmayı hedeflemiştir.