E-defterde güncelleme, nevi veya unvan değişikliği gibi durumlarda belirli prosedürlerle yapılır. Nevi değişikliği durumunda, mükellef 15 gün içinde ticaret sicil gazetesinin fotokopisi ve durumu izah eden bir dilekçe ile Gelir İdaresi Başkanlığı'na (GİB) başvurmalıdır. Unvan değişikliği durumunda ise, GİB'e başvuru yaparak e-defter sistemindeki unvanın güncellenmesi sağlanmalıdır. Nevi veya unvan değişikliğinin gerçekleştiği tarihten önceki döneme ait defter ve beratların, ilgili ayı izleyen üçüncü ayın son gününe kadar GİB'e gönderilmesi gerekmektedir. Ayrıca, e-defter ve berat dosyalarının oluşturulma, imzalanma ve GİB'e yükleme süreleri, aylık veya geçici vergi dönemleri bazında yükleme tercihine göre değişiklik gösterir. 2025 yılı için, aylık yükleme tercihinde bulunan mükellefler için ilgili ayın son gününe ait defter ve beratların, izleyen dördüncü ayın 10 veya 14. gününe kadar yüklenmesi gerekmektedir. Güncel süreler ve prosedürler için GİB'in resmi internet sitesi veya yetkili danışmanlardan bilgi alınması önerilir.