Düşünce özgürlüğünü sınırlayan unsurlar şunlardır: 1. Ceza Yasalarındaki Özel Hükümler: Geçmiş dönemlerde 141, 142 ve 163. maddeler gibi özel hükümlerle düşünce ve ifade özgürlüğü sınırlanmıştır. 2. Terörle Mücadele Yasaları: Terörle Mücadele Yasasının 8. maddesi, gazetecileri ve yazarları terörist niyetiyle yargılamak için kullanılmıştır. 3. 312. Madde: Türk Ceza Kanunu'nun 312. maddesi, farklı yorumlara açık olup, düşünce özgürlüğünü kısıtlayıcı bir şekilde uygulanmıştır. 4. Resmi İdeoloji Anlayışı: Devletin belirlediği resmi ideoloji, insanların düşüncelerini önyargılı hale getirerek özgür düşünceyi engelleyebilir. 5. Ön Yargılar ve Sloganlar: Beyinlerin klişeler ve sloganlarla doldurulması, düşünme ve sorgulama yeteneklerini zayıflatır. Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi (AİHM), düşünce özgürlüğünün sınırlarını geniş tutarak, sadece olumlu karşılanan değil, devleti veya halkı rahatsız eden düşüncelerin de açıklanmasını demokratik toplumun vazgeçilmez bir gereği olarak kabul etmektedir.