Denklik itirazının reddedilmesi durumunda, itiraz eden kişi idari yargı mercilerinde iptal davası açabilir. Denklik davasının konusu, Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından verilen red, kısmi denklik veya program dışı değerlendirme gibi kararların iptali olabilir. Bu tür davalar, idare mahkemelerinde açılır ve davacı, ilgili kararın hukuka aykırı olduğunu, işlemin objektif kriterlere dayanmadığını veya usule uygun şekilde yapılmadığını ileri sürerek mahkemeden YÖK kararının kaldırılmasını ister. Denklik davası açılmadan önce, YÖK tarafından verilen kararın tebliğ alınması gerekir. Denklik davası sürecinde, kararın hukuki gerekçelerinin eksikliği, objektif değerlendirme yapılmadığı, üniversitenin tanındığına dair belgeler veya emsal kararlar, davanın lehe sonuçlanmasını sağlayabilir.