Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığı merkez teşkilatı, aşağıdaki genel müdürlükleri ve başkanlıklardan oluşur: Genel Müdürlükler: Yerel Yönetimler Genel Müdürlüğü; Milli Emlak Genel Müdürlüğü; Mekânsal Planlama Genel Müdürlüğü; Çevre Yönetimi Genel Müdürlüğü; Çevresel Etki Değerlendirmesi, İzin ve Denetim Genel Müdürlüğü; Yapı İşleri Genel Müdürlüğü; Mesleki Hizmetler Genel Müdürlüğü; Coğrafi Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü. Başkanlıklar: Rehberlik ve Teftiş Başkanlığı; Strateji Geliştirme Başkanlığı; Yüksek Fen Kurulu Başkanlığı; Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği; Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığı. Ayrıca, İklim Değişikliği Başkanlığı, 29 Ekim 2021 tarihli 85 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığına bağlı bir kuruluş olarak kurulmuştur.