Alt geçitlerde su baskınının önlenmesi için aşağıdaki yöntemler uygulanabilir: Sensör tabanlı sistemler: Alt geçit içine yerleştirilen sensörler, su seviyesini takip ederek olası bir sel afetinde yolu trafiğe kapatabilir ve suyun tahliye edilmesini sağlayabilir. Su motorları: Alt geçit içine konulan su motorları, fazla suyu tahliye edebilir. Güçlendirilmiş bariyerler: Suyun istenmeyen alanlara gitmesini önleyerek can kaybını azaltabilir. Drenaj sistemlerinin bakımı: Drenaj sistemlerinin düzenli olarak temizlenmesi ve suyun doğal akışının korunması, baskınları önleyebilir. Acil durum planları: Su baskını tehdidi altındayken hızlı ve etkili hareket edilmesini sağlar. Ayrıca, alt geçitlerin kot bakımından çevresinden alçakta kalması, sağanak yağışlarda daha fazla yağmur suyu gelmesine ve sel baskınlarına yol açabileceğinden, bu tür alt geçitlerin inşa edilmesi de önlenebilir.