Endemik balık türleri, yaşadıkları bölgelere göre iki ana kategoriye ayrılabilir: 1. Lokal Endemik Türler: Belirli bir bölgede ve genellikle dışarıya bağlantısı olmayan, yalıtılmış, kapalı iç havzalardaki göller ve derelerde yaşarlar. 2. Bölgesel Endemik Türler: Belirli bir coğrafi bölgeye özgüdürler. Örneğin, Ankara balığı (Noemachleius angorae) sadece Ankara'da, Asi nehri inci balığı (Alburnus orontis) ise Asi Nehri'nde yaşar. Ayrıca, Türkiye'deki endemik balık türleri, egzotik türlerle de karşılaştırılabilir. Türkiye'ye özgü endemik türlerin yanı sıra, Salmo salar, Oncorhynchus mykiss gibi egzotik türler de bulunmaktadır.