Hayalet Gemi hikayesinin sonunda, Mary Celeste adlı geminin akıbetine dair çeşitli teoriler öne sürülmüştür: 1. Fırtına Teorisi: Kaptan ve mürettebat, şiddetli bir fırtınaya yakalanmışlardır. Fırtına sırasında kargo bölümündeki variller yerinden oynamış ve alkolün buharlaşması zehirlenme endişesi yaratmıştır. Kaptan, tüm mürettebatı filikaya indirmiş, ancak filikayı gemiye bağlayan halat kopmuş ve gemi kendi başına denizde sürüklenmeye başlamıştır. 2. Osmanlı Korsanları Teorisi: Geminin Osmanlı korsanları tarafından kuşatıldığı iddia edilmiştir, ancak bu teori diğer kaynaklarca desteklenmemektedir. 3. Gizem Çözülemedi: Olayın herhangi bir çözümü bulunamamış ve gizem yüzyıllardır devam etmektedir.