E-fatura mükellefi ile normal mükellef arasındaki temel fark, fatura düzenleme ve iletim yöntemleridir. E-fatura mükellefi: Sadece elektronik ortamda fatura düzenler ve alır. Faturalar, Gelir İdaresi Başkanlığı (GİB) sunucuları üzerinden alıcı ve satıcıya iletilir. E-fatura mükellefi olan işletmeler, birbirlerine kâğıt fatura yerine e-fatura kesmek zorundadır. Normal mükellef: Hem kağıt fatura düzenleyebilir ve alabilir, hem de e-fatura kullanabilir. E-fatura mükellefi olmayan vergi mükellefi tüzel ya da gerçek kişiler ile e-fatura kullanma zorunluluğu bulunan vergi mükellefi arasında e-arşiv fatura kullanılır. Özetle, e-fatura mükellefleri yalnızca dijital ortamda çalışırken, normal mükellefler hem kağıt hem de dijital fatura kullanabilir.