Amasya Şeker Fabrikası, tamamen özel teşebbüse ait bir kuruluş olup, sermayenin çiftçi tabanına yayılması düşüncesiyle kurulmuştur. Fabrikanın ortakları arasında S.S. Amasya Pancar Ekicileri Kooperatifi, S.S. Turhal Pancar Ekicileri Kooperatifi, Türkiye İş Bankası, T.C. Ziraat Bankası ve Türkiye Şeker Fabrikaları A.Ş. bulunmaktadır. 2004 yılında, Özelleştirme Yüksek Kurulu'nun kararıyla, fabrikadaki Türkiye Şeker Fabrikaları A.Ş.'ye ait %15'lik hisse, Amasya Pancar Ekicileri Kooperatifi tarafından satın alınmış ve kamu hissesi tamamen ortadan kalkarak, Amasya Şeker Fabrikası %100 üreticiye ait bir yapı kazanmıştır.