NCTS Faz 4 ve Faz 5 arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Birlik Gümrük Kodu (UCC) Uyumu: Faz 5, UCC ile tamamen uyumludur, Faz 4 ise bu kodla uyumlu hale getirilmiştir. 2. Beyannamelerin Önceden Sunulması: Faz 5'te transit beyannameleri, eşyanın gümrüğe sunulmasından 30 gün önce verilebilirken, Faz 4'te bu özellik yoktu. 3. Çıkış Ofisi Kavramı: Faz 5 ile AB dışına yapılan transitlerde "Çıkış Ofisi" kavramı eklenmiştir, Faz 4'te bu kavram yoktu. 4. Olay Kayıt Süreçleri: Faz 5'te olay kayıt süreçlerinde değişiklikler yapılmıştır, ancak detaylı bilgi kaynaklarda yer almamaktadır. 5. Yeni Mesaj Formatları: Faz 5'te kullanılan mesaj formatları ve veri yapıları, UCC'ye uygun olarak güncellenmiştir.