Faz 4 ve Faz 5 arasındaki temel farklar, özellikle transit işlemlerinde kullanılan NCTS sistemlerinde gözlemlenir: Sevkiyat ve Kalem Yapısı: Faz 4'te, birden fazla gönderici ve alıcıya sahip sevkiyatlar tek bir transit beyannamesinde beyan edilir ve her eşya ayrı bir kalem olarak açılır. Emniyet ve Güvenlik (Safety & Security) Alanı: Faz 4'te bu alan zorunlu olarak "1" işaretlenirdi, Faz 5'te ise bu alan "0" olarak seçilebilir. Taşıyıcı Alanı: Faz 4'te taşıyıcı alanı her zaman zorunlu bir alandı, Faz 5'te ise bu alan sadece belirli durumlarda zorunlu hale gelir. Transit İçin Çıkış Gümrük İdaresi Alanı: Faz 4'te bu alan zaten mevcuttu, Faz 5'te ise bu alanın adı ve içeriği değiştirilmiştir. Genel olarak, Faz 5'in getirdiği yeni veri setleri ve kurallar, büyük değişiklikler gibi görünse de, Türkiye uygulamasında Faz 4'e kıyasla ekstra bir kolaylık sağlamadığı değerlendirilmektedir.