e-Fatura ve e-Defter saklaması şu şekillerde yapılabilir: e-Defter Saklama: GİB Sistemi: e-Defterler ve berat dosyaları, Gelir İdaresi Başkanlığı'na (GİB) gönderildikten sonra 10 yıl boyunca saklanır. Özel Entegratör: İşletmeler, özel entegratör hizmetleri ile e-defterlerini güvenli bir şekilde saklayabilir. e-Fatura Saklama: Mükellef Bilgi İşlem Sistemleri: e-Faturalar, mükelleflerin kendi bilgi işlem sistemlerinde veya GİB'den saklama hizmeti almış kuruluşlarda saklanır. GİB Portalı: GİB Portalinde saklama için bir sınırlama yoktur, ancak 6 aydan eski faturalar sistemden kaldırılır. Saklama zorunluluğu, Vergi Usul Kanunu ve Türk Ticaret Kanunu kapsamında belirlenmiştir.