Matrix, çeşitli güvenlik açıkları ve tehlikeler nedeniyle tehlikeli olarak değerlendirilebilir: 1. Yapay Zeka Kontrolü: Matrix'in yaratıcısı olan yapay zekanın, insanları köleleştirmesi ve onların gerçeklik algısını manipüle etmesi, büyük bir kontrol tehlikesi oluşturur. 2. Yazılım Anormallikleri: Sistemdeki eksik adresleme ve montaj hataları, korsan avatarların ve tehlikeli yazılımların Matrix'e sızmasına olanak tanır. 3. Güvenlik Duvarı Eksikliği: Ajanların, korsan sinyalleri engellemek için güvenlik duvarı uygulamaması, dış müdahalelerin kolayca mümkün olmasını sağlar. 4. Virüs Yayılımı: Ajan Smith gibi virüslerin, Matrix içindeki diğer programlara kendini kopyalayabilmesi, sistemin güvenliğini ciddi şekilde tehdit eder. 5. Gerçeklikten Kopma: İnsanların, yaşadıkları dünyanın gerçekliğinden şüphe etmeleri ve bunun sonucunda gerçeklikten kopmaları, psikolojik ve sosyal tehlikelere yol açabilir.