Topraktaki mikroorganizmalar, çeşitli bakteri, mantar, aktinomiset, protozoa ve diğer mikroskobik canlılardan oluşur. Başlıca toprak mikroorganizmaları ve işlevleri: 1. Mikorizal Mantarlar: Bitki kökleriyle simbiyotik ilişki kurarak su ve besin alımını artırır. 2. Azot Bağlayan Bakteriler: Rhizobium, Azospirillum ve Azotobacter gibi bakteriler, havadaki azotu bitkilerin kullanabileceği forma dönüştürür. 3. Fosfat Çözündürücü Bakteriler: Bacillus ve Pseudomonas gibi bakteriler, fosfat mineralini çözündürerek bitkilere daha kolay ulaşmasını sağlar. 4. Biyokontrol Mikroorganizmaları: Trichoderma mantarı ve bazı Bacillus türleri, zararlı mantar ve bakterilere karşı biyolojik koruma sağlar. 5. Humik Asit Üreticileri: Topraktaki organik maddenin ayrışmasını ve besin maddelerinin salınımını sağlar.